پرونده‌های مالی در زمان مدیریت رویانیان اکنون یکی از دردسرهای بزرگ پرسپولیس شده است که در آستانه‌ی ایجاد محرومیت و کسر امتیاز برای این تیم است.
به گزارش "ورزش سه"، دستورالعمل سازمان لیگ برای پرداخت مطالبات بازیکنان و ممانعت از حضورشان در لیگ در صورت عدم انجام این موضوع اکنون باشگاه را با مشکل بزرگی مواجه کرده است تا اکنون رفت و آمد طلبکاران برای دریافت مطالبات‌شان به دغدغه بزرگی برای مسوولان این تیم تبدیل شود. موضوع دیگر هم به حکم مربیان پرتغالی این تیم از سوی فیفا بازمی‌گردد. مانوئل ژوزه و دستیارانش بعد از سال‌ها موفق شدند حکم مطالبات خود را دریافت کنند تا با دردسر 7 و نیم میلیاردی باشگاه را مواجه کنند.
محمد رویانیان، مدیرعامل سابق پرسپولیس که اکنون بیشتر حکم‌های جاری و مراجعه کنندگان طلبکار به باشگاه به زمان او مربوط می‌شود، همچنان روی حرف خود ایستاده و معتقد است که بی توجهی به پیشنهادات راهبردی او موجب این مساله شده است. رویانیان در خصوص اینکه علی دایی اکنون بزرگترین طلبکار باشگاه محسوب می‌شود گفت: علی دایی تنها 300 میلیون از باشگاه طلب داشت اما اینقدر درباره‌اش تعلل کردند و مالیاتش را ندادند تا اکنون به این مبلغ رسیدند.
وی درباره اعلام حکم مربیان پرتغالی و مانوئل ژوزه هم گفت: الان در جلسه هستم و اصلا نمی‌خواهم مصاحبه کنم. این مطالبات هم چهار سال از آن گذشته و می‌شد بهتر در موردش به نتیجه رسید.
رویانیان در پایان درباره اینکه قراردادهای زمان او به یکی از بزرگترین چالش‌های این باشگاه تبدیل شده که حرف و حدیث در خصوص آن زیاد است و نیاز به شاهد برای آنها به وجود آمده گفت: من اصلا نمی‌خواهم مصاحبه کنم. قراردادها هم هیچ مشکلی نداشته و فکر می‌کنید الان قرارداد بهتری ثبت می‌کنند؟
پرسپولیس 
